Самое простое решение, которое только приходит на ум— это тащить за собой editbin (благо лицензия этого вроде бы не запрещает) и делать биндинг непосредственно при установке программы. Не желающие связываться с Microsoft могут реализовать утилиту для биндинга самостоятельно или воспользоваться линкером ulink от Юрия Харона, который это тоже умеет и уж точно не имеет проблем с лицензированием.
Но, прежде чем открывать пиво и праздновать победу, задумаемся: что произойдет если пользователь обновит систему после установки нашей программы? Правильно! Биндинг тут же перестанет работать, скорость загрузки упадет в разы, а это нехорошо. Можно, конечно, порекомендовать пользователю переустанавливать нашу программу после всякого обновления системы, но это не гуманно и вообще жестоко. Гораздо проще поступить так.
Пусть при каждом запуске наша программа проверяет TimeDateStamp всех импортируемых DLL и если он изменился, запускает editbin (или другую утилиту) для ре-биндинга. Поскольку, править активный процесс нельзя, его необходимо завершить, породив перед этим дочерний субпроцесс или запустив bat-файл, который бы ре-биндил нашу программу и тут же перезапускал ее вновь, чтобы эти махинации протекали прозрачно для пользователя и не высаживали его на измену.